Cuando el Capitán Markan se dio cuenta de que la Tierra estaba perdiendo la guerra contra el ZNU, era demasiado tarde. El escudo de la Tierra cayó y el ZNU quemó la superficie a un páramo irradiado. En desesperación y por la supervivencia de la especie, envió la enorme mundialería de la Tierra en un viaje de una década al espacio desconocido. Su destino era el margen de la galaxia, donde había una oportunidad de establecer un punto de apoyo y volver a crecer en fuerza, y tal vez encontrar nuevos aliados para la lucha contra los imperios de ZNU y Decima. Al enterarse de este plan, los grandes imperios enviaron sus propias mundos de mundo, siguiendo la Tierra al límite, decididos a apostar su propio reclamo y ganar la guerra para la franja.

En Empires of the Void II, a cada jugador ha recibido el mando de una misión por un imperio alienígena para establecer un punto de apoyo al margen de la galaxia. El juego comienza cuando sus mundos enormes llegan a la franja, donde deben explorar, librar la guerra, usar la diplomacia y construir edificios para obtener la victoria. La franja está escasamente poblada, y muchas de las especies sensibles aquí están luchando por sobrevivir, dejando grandes regiones de planetas abiertas para la exploración y la colonización. Muchas especies están ansiosas por aliarse con un poderoso imperio para ganar seguridad y estabilidad en un momento caótico y difícil.