Blazing Angels II: Secret Missions of WWII is het vervolg op Blazing Angels: Squadron of WWII. In BA: Secret Missions speel je een ervaren piloot tijdens de Tweede Wereldoorlog en moet je in experimentele vliegtuigen op geheime missies vliegen. Tijdens je missies zul je echter ook te maken krijgen met vijandelijke experimentele Duitse vliegtuigen. Uiteindelijk zul je moeten voorkomen dat het Nazi-Duitsland een geheim wapen maakt.

Het gehele spel speelt zich af tijdens Operation Wildcard, een geheime missie om het eerder genoemde wapen van de Duitsers te ontmantelen. Hierin speel jij een belangrijke, of wellicht wel de belangrijkste rol. Je bent namelijk de Squad Leader van een heel squadron aan Amerikaanse vliegtuigen. Deze vliegtuigen zijn in het geheim geproduceerd door de overheid van de Verenigde Staten.

Blazing Angels II: Secret Missions of WWII kent achttien missies waar je onder andere bruggen moet bombarderen, geheime wapens moet stelen, zeppelins moet vernietigen en meer. Daarnaast zijn er 50 verschillende en authentieke vliegtuigen in het spel die voor het grootste gedeelte op de werkelijkheid zijn gebaseerd. Neem nou de Gotha Go 229, of de DH Vampire F Mk 1, de Me-163 Komet, Meteor die allen hun opwachting maken in deze simulator.

De eerder beschreven vliegtuigen zijn natuurlijk niet voor niets geheim. Ze zijn uitgerust met de meest moderne apparatuur uit die tijd. Bijvoorbeeld High Velocity Cannons (waaronder de Duitse Mk 103), hittezoekende raketten en meer. Daarnaast kom je natuurlijk langs een variatie aan omgevingen, waaronder in Cairo, het Himalaya-gebergte, Moskou, Rome en de Zwitserse Alpen. De meer open missies zijn ook aanwezig, zo vlieg je boven China of de Baltische zee om rechtstreeks betrokken te raken met de actie.

Blazing Angels II: Secret Missions of WWII kent naast een uitgebreide singleplayer-modus een multiplayer. Hierin kunnen maximaal zestien spelers strijden in de speltypes Epic Battle, Capture the Flag en meer modi. Een omvangrijke toevoeging is de coöperatieve spelmodus waarin samen gestreden kan worden tegen de Duitsers.