Warhammer 40.000: Squad Command speelt zich af in het, op de Games Workshop gebaseerde Warhammer 40.000 universum. In de game kun je aan de slag met de elite Space Marines die de oorlog aan gaan met de Chaos Space Marines. Om de oorlog te winnen doorloop je in totaal dertien missies. Deze missies zijn via tussenfilmpjes met elkaar verbonden. Tijdens een gevecht zul je op een strategische manier gebruik moeten maken van meer dan twintig verschillende wapens waaronder een Bolter, Plasma geweer, de Powerfist en een kettingzaag. Naast de wapens kun je ook gebruik maken van de destructieve omgevingen om verassingsaanvallen uit te voeren.