Shogun speelt zich af in het Japan van de 16e eeuw. Het spel bestaat uit 2 delen: een realtime strategisch deel en een turnbased tactisch deel. Japan is een land waar chaos regeert. Het heeft een doortastende krijger nodig, een met de kracht en vaardigheid om de nieuwe Shogun te worden, de nieuwe heerser over Japan. Als Daimyo - de hoogste feodale krijgsheer - van een van de zeven clans, kun je je legers naar de ultieme overwinning leiden. Bepaal of je aan het hoofd wilt staan van de Shimazu clan met hun vestingeiland, de meedogenloze Oda clan, de religieuze Mori clan met een leger van Monnik-strijders, of de voortreffelijke cavalerie van de Takeda clan. Elke clan heeft eigen unieke sterke punten en tegelijkertijd ook zwakke punten die uitgebuit kunnen worden door de vijanden! Daarnaast kun je ook als Kublai Khan spelen en Japan binnenvallen met je Mongoolse troepen om de opstandige samoerais neer te slaan. Vanuit de commandopost in de troonkamer kun je je leger opdrachten geven en je gebieden van seizoen tot seizoen uitbreiden. Bouw machtige vestingen en gebouwen als zwaardsmederijen, trainings dojo's en serene tuinen. Ontwikkel en train nieuwe troepen om je land te beschermen en het land van je vijanden te veroveren. Beheer je gebieden, verzamel grondstoffen en stel de boeren tevreden (of onderdruk ze!) terwijl je je volgende verovering voorbereidt.