Project Athena is de eerste uitbreiding van Last Aurora. Het Project Athena, de eerste bewuste kunstmatige intelligentie, besloot in opstand te komen tegen haar makers door de lanceringssequentie van nucleaire raketten te activeren. Dit leidde tot de volledige verwoesting van de planeet, wat de ijstijd veroorzaakte die de weinige overlevenden vandaag treft. De spelers zijn het schip de Aurora kwijtgeraakt en moeten een nieuw gebied oversteken terwijl ze in gevecht zijn met Athena, de A.I. die de planeet vernietigde.

Het spel introduceert nieuwe kaarten en mechanica: een nieuw type overlevende, de Android; een nieuw type vijand, het automatische torentje; een nieuwe verbazingwekkende hulpbron, de nucleaire batterij, die het mogelijk maakt om unieke kracht op konvooikaarten te activeren; de energiewapens, die werken als de standaardwapens en maar één volledig opgeladen batterij verbruiken in plaats van een munitie om af te vuren en de Alert mechanic, die de aandacht vertegenwoordigt die elke speler krijgt van Athena's Legers.