Batman: Arkham Origins beschikt over een uitgebreide Gotham City en introduceert een originele prequel verhaallijn die zich enkele jaren voor de gebeurtenissen van Batman: Arkham Asylum en Batman: Arkham City afspeelt.

De game plaatst zich af nog voor de opkomst van Gotham City's meest gevaarlijke schurken en moordenaars, het spel toont een jonge, rauwe, ongeraffineerde Batman als hij geconfronteerd word met een beslissend moment in zijn vroege carriere als misdaadbestrijder die hem op weg zet naar het worden van de Dark Knight.