Het legendarische Atlantis is gehuld in zoveel verhalen en mythen dat er wordt gezegd dat het in één nacht volledig is verdronken. Atlantis Exodus speelt zich af in de 5 jaar vóór de zinking. De spelers en hun respectievelijke koningen moeten proberen zoveel mogelijk van hun onderdanen te redden om hun verworven kennis en vaardigheden mee te nemen naar een andere wereld en tijd.

Het Atlantis-stadsrondel met zijn rotatiemechanisme stelt de koningen constant voor nieuwe uitdagingen, aangezien de mogelijke acties voortdurend veranderen en hen dwingen hun gekozen strategieën te heroverwegen en aan te passen.